El término de alergia alimentaria a menudo se confunde con el de intolerancia alimentaria. Es importante destacar que la alergia alimentaria es tan sólo una de las numerosas posibles razones para que exista intolerancia alimentaria.

Se entiende por intolerancia a los alimentos la incapacidad de consumir ciertos alimentos o nutrientes sin sufrir efectos adversos sobre la salud. Los efectos pueden ser más o menos rápidos sobre la salud. Las alergias se manifiestan en grupo, de manera que las personas que son alérgicas a determinados alimentos también pueden ser alérgicos a otros factores medioambientales, como por ejemplo, al polvo, al pelo de los animales o al polen.

La intolerancia a los alimentos se distingue de la alergia a alimentos en que esta última provoca una respuesta del sistema inmune como respuesta a la ingestión de un alimento determinado activando la Inmunoglobulina E (IgE); las intolerancias no activan el sistema inmune.

Un ejemplo es la Intolerancia a la lactosa, que es la insuficiencia de la enzima lactasa que impide la correcta absorción de la lactosa. Según el grado de intolerancia puede producir desde un rechazo inmediato a toda clase de leche hasta síntomas de difícil diagnóstico, ya que una malabsorción de la lactosa produce una acumulación de gases en el intestino, que producen dolor abdominal e incluso dolor de estómago y vómitos. Es un ejemplo de efecto rápido sobre la salud.

Otro ejemplo es la intolerancia a las proteínas de la leche de vaca (IPLV), en la que las personas no son capaces de digerirlas.